BAB VIII

PROGRAM KIMIA KOMPUTASI HYPERCHEM

[Tutorial Hyperchem]

          Sub bab ini memberikan penjelasan singkat tentang kemampuan salah satu program kimia komputasi HyperChem yang akan memberikan pengertian dan pengalaman bagi mahasiswa untuk menjalankan pemodelan molekul. Dua sistem yang akan dilakukan dalam proses pembelajaran dari bab ini yaitu, demo oleh dosen di depan kelas dengan menggunakan perangkan LCD projector dan membawa maha-siswa secara berkelompok ke laboratorium kimia komputasi. Materi praktikum mahasiswa dapat diambilkan dari bab IX yang berisi materi praktikum kimia komputasi.

Tujuan Instruksional Khusus:

Setelah mengikuti matakuliah ini, mahasiswa akan dapat menjelaskan kemampuan perangkat lunak HyperChem sebagai salah satu perangkat lunak pemodelan molekul

8.1  KEMAMPUAN HYPERCHEM

          Program HyperChem, merupakan program kimia apli-kasi 32 bit, yang dikembangkan oleh HyperCube Inc untuk system operasi Windows 95/98 dan Windows NT. HyperChem merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan HyperChem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia kuantum yang lain.

          Program Kimia menyediakan fasilitas pembuatan model tiga dimensi (3D), perhitungan mekanika molekular dan mekanika kuantum (semiempiris dan ab initio). Disamping itu tersedia pula database dan program simulasi Monte Carlo dan molecular dynamics (MD).

 

Fasilitas yang disediakan oleh program standar ini adalah:

·         Input Struktur dan Manipulasi (Structure Input and Mani-pulation)

·         Display Molekul (Molecular Display)

·         Kimia Komputasi (Computational Chemistry)

·         Metode Komputasi (Computational Methods)

Input Struktur dan Manipulasi

1.    Mengambar molekul dengan program ini relatif sederhana. Pilih unsur dari tabel periodik, kemudian di click dan ditarik dengan mouse. Dengan mouse kita dapat meng-kontrol rotasi di sekitar ikatan, mengatur stereokimia molekul dan mengubah struktur.

2.    Dengan mouse-controlled tools kita dapat melakukan seleksi, rotasi dan translasi serta mengubah ukuran struktur. Setting pada menu harus dimodifikasi terlebih dahulu untuk mengontrol operasi dari tools.

3.    Untuk mengkonversi struktur 2D menjadi struktur 3D dapat dikerjakan dengan HyperChem’s model builder.

4.    Penggunaan constraint terhadap struktur relatif mudah. Kita dapat melakukan constraint terhadap panjang ikatan, sudut ikatan, sudut torsi dan juga terhadap atom yang diinginkan.

Display Molekular (Molecular Display)

·         Pilihan rendering : Ball-and-stick, fused CPK spheres dengan pilihan shading and highlighting. Juga vdW dots, cylinders dan overlapping spheres.

·         Ribbon rendering untuk protein backbones, dengan pilihan  sidechain display.

·         3D Isosurfaces atau 2D contour plots untuk: muatan total, kerapatan muatan, orbital molekul, kerapatan spin, potensial elektrostatik (ESP), ESP dipetakan pada 3D charge density surface.

·         Pilihan isosurface rendering: wire mesh, Jorgensen-Salem, transparent dan solid surfaces, Gouraud shaded surface.

·         Selama simulasi dapat ditampilkan rerata energi kinetik , energi potensial, energi total dan parameter molekul seperti panjang ikatan, sudut ikatan, dan sudut torsi.

·         Animasi mode vibrasi dari spektra IR

Kimia Komputasi

          Dengan HyperChem kita dapat mengeksplorasi model energi permukaan potensial secara klasik atau kuantum dengan single point, optimasi geometri atau perhitungan dalam mencari keadaan transisi. Selain itu kita dapat juga mempelajari pengaruh gerakan termal dengan molecular dynamics, Langevin dynamics atau simulasi Metropolis Monte Carlo.

hyper-03hyper-02

Gambar 8.1  Jenis perhitungan yang dapat dilakukan dengan program HyperChem

Jenis Perhitungan

Terdapat beberapa tipe perhitungan, antara lain kalkulasi single point, optimisasi geometri, frekuensi vibrasi, pencarian keadaan transisi, simulasi dinamika molekular, simulasi dinamika Langevin  dan simulasi Monte Carlo.

1.    Perhitungan single point dapat digunakan untuk menentukan energi molekul dari struktur yang telah ditentukan (tanpa proses optimasi)

2.    Perhitungan optimisasi geometri menggunakan algoritma minimisasi energi untuk mendapatkan  struktur paling stabil. Tersedia 5 algoritma minimisasi.

3.    Perhitungan frekuensi Vibrational  dimaksudkan untuk mencari mode vibrasi normal dari suatu struktur teropti-misasi. Spektrum teroptimisasi dapat ditampilkan dan gerakan vibrasi yang berkaitan dengan transisi spesifik dapat dianimasikan.

4.    Pencarian keadaan transisi dilakukan dengan menentukan struktur metastabil yang bersesuaian dengan keadaan transition menggunakan metode Eigenvector Following atau Synchronous Transit. Sifat-sifat molekulernya kemudian dapat dihitung. Dua metode untuk melokasikan keadaan transisi diimplementasikan di dalam HyperChem 5.

a)    Metode Eigenvector Following sangat cocok digunakan untuk proses unimolekular atau setiap sistem mole-kular yang mode vibrasi naturalnya cenderung menuju ke suatu keadaan transition.

b)    Metode Synchronous transit khususnya berguna jika reaktan dan produk sangat berbeda. Terdapat dua metodologi synchronous transityang diimplementasikan di dalam HyperChem yaitu Linear  synchronous  Transit (LST)  dan Quadratic Synchronous transit (QST).

5.    Simulasi Molecular dynamics menghitung trajektori klasik untuk sistem molekular. Waktu pemanasan, keseim-bangan dan pendinginan dapat diterapkan dalam simulasi ini dan juga dapat digunakan untuk proses-proses yang bergantung pada perubahan waktu. Simulasi dapat dilakukan pada energi konstan atau tenperatur konstan.

6.    Langevin dynamics simulations untuk memodelkan efek tumbukan pelarut tanpa memasukkan secara implisit molekul-molekul pelarut.

7.    Simulasi Monte Carlo Metropolis berguna untuk  mengeks-plorasi konfigurasi yang mungkin dari suatu sistem dalam keadaan keseimbangan dan menentukan sifat sistem yang dinyatakan sebagai harga rata-rata untuk sekuruh sistem yang sudah berada dalam keadaan keseimbangan.

hyper-06

 

Gambar 8.2  Menu display dan database pada HyperChem


8.2  HASIL PERHITUNGAN DENGAN HYPERCHEM

Prediksi:

          HyperChem dapat digunakan untuk menentukan bebe-rapa sifat struktur antara lain :

·   Stabilitas relatif dari beberapa isomer

·   Panas pembentukan

·   Energi aktivasi

·   Muatan atom

·   Beda energi HOMO-LUMO

·   Potensial Ionisasi

·   Afinitas elektron

·   Momen dipol

·   Tingkat energi elektronik

·   Energi korelasi elektron MP2

·   Energi keadaan tereksitasi CI

·   Sifat dan struktur keadaan transisi

·   Energi interaksi non-bonded

·   Spektra serapan UV-VIS

·   Spektra Absorpsi IR

·   Pengaruh isotop pada vibrasi

·   Spektra serapan IR

·   Efek Collision pada sifat struktur

·   Stabilitas dari kluster

Simulasi

  • Interaksi Docking
  • Pengaruh temperatur pda gerakan molekul
  • Pengaruh pelarut pda struktur dan dinamika
  • Interaksi intermolekular pada kluster

8.3  METODE KIMIA KOMPUTASI

HyperChem merupakan program yang dapat secara teliti digunakan untuk mengetahui struktur, stabilitas dan sifat molekul dengan menggunakan perhitungan mekanika molekular maupun mekanika kuantum. Tersedia metode sederhana untuk menghasilkan struktur molekul 3D. Kita dapat memilih 10 jenis metode semiempiris dan mengguna-kannya untuk mengoptimasi geometri suatu senyawa agar didapatkan struktur yang paling stabil. Kita dapat menjalan-kan perhitungan semiempiris mulai dari atom hidrogen sampai xenon, termasuk logam transisi. Metode ab initio dilengkapi dengan variasi himpunan basis akan dapat diguna-kan untuk menentukan sifat struktur molekul secara akurat.

Aplikasi mekanika kuantum:

Beberapa sifat dan struktur molekul yang dapat diprediksi dengan menggunakan metode kimia kuantum antara lain:

·         Penentuan interaksi orbital batas (frontier)  antara molekul donor dan aseptor seperti yang digambarkan pada reaksi siklisasi Diels-Alder.

·         Mendapatkan muatan atomik parsial menggunakan ana-lisis populasi Mulliken untuk memprediksi sisi molekul yang mudah diserang oleh pereaksi.

·         Menghasilkan peta potensial elektrostatik yang dapat memberikan gambaran trajektori dalam penerapan proses docking antara obat dan reseptor.

·         Menghitung kerapatan spin tak berpasangan untuk mengidentifikasi sisi reaktif pada molekul atau untuk membandingkan dengan data ESR.

·         Dalam bidang spektroskopi UV-Vis, perhitungan kimia kuantum dapat memprediksi intensitas dan panjang ge-lombang dari transisi elektronik dan juga dapat mem-prediksi lokasi dari keadaan aktif secara non-sepktroskopi.

·         Dalam bidang spektroskopi IR, perhitungan kimia kuantum dapat memperkirakan intensitas dan bilangan gelombang dari garis serapan vibrasi dan sekaligus dapat menggambarkan gerakan dari mode normal dengan meng-gunakan vektor dan animasi.

hyper-05hyper-04

Gambar 8.3  Metode kimia komputasi program HyperChem

Kekuatan dan fleksibilitas:

Beberapa pilihan untuk perhitungan struktur elektronik adalah:

·         Sistem dengan muatan apapun dan dengan multiplisitas spin sampai harga 4 dapat dipelajari.

·         Perhitungan Restricted and Unrestricted Hartree-Fock (RHF/UHF) pada sistem dan sel terbuka dapat dilakukan.

·         Keadaan dasar dan keadaan tereksitasi pertama dapat dihitung..

·         Dapat diterapkan perhitungan dengan metode interaksi konfigurasi (Configuration Interaction, CI) menggunakan kriteria orbital atau energi dengan single atau metode microstate.

Kita akan mendapat menghasilkan hasil perhitungan yang berguna antara lain:

·   Grafik kontur untuk orbital molekul, muatan dan kerapatan spin, dan potensial elektrostatik.

·   Gambaran dari diagram tingkat energi orbital.

·   File Log (rekaman) yang berisikan data numerik energi, panas pembentukan, momen dipol, koefisien orbital molekul dan matrik kerapatan.


Jenis metode komputasi

1. Metode mekanika kuantum ab initio.

·         Tersedia pilihan beberapa himpunan basis  di dalam program ini. Himpunan basis  standar yang biasa diguna-kan antara lain STO-3G, 3-21G, 6-31G* dan 6-31G**.

·         Fungsi-fungsi basis ekstra (s, p, d, sp, spd) dapat ditambahkan ke atom-atom individual atau ke sekelompok atom.

·         Pengguna juga dapat mendefiniskan himpunan basisnya  sendiri atau memodifikasi himpunan basis  yang telah ada dengan menggunakan HyperChem‘s documented basis set file format.

2. Mekanika Kuantum Semiempirik.

·         HyperChem menawarkan sepuluh metode molekular orbi-tal semiempirik, dengan pilihan untuk senyawa organik dan senyawa-senyawa gugus utama, untuk senyawa-senyawa transisi dan untuk simulasi spektra.

·         Metode yang tersedia adalah Extended Huckel (oleh Hoffmann), CNDO dan INDO (oleh Pople dkk.), MINDO3, MNDO, MNDO/d dan AM1 (oleh Dewar dkk.) PM3 (oleh Stewart),  ZINDO/1 dan ZINDO/S (oleh Zerner dkk.).

3.   Mekanika Molekuler

HyperChem dapat digunakan secara mudah dalam menghasilkan struktur molekul 3D, dengan pilihan 4 metode mekanika molekular, teknik optimasi geometri untuk menda-patkan struktur stabil, dan teknik dinamika molekular untuk mendapatkan pencarian konformasi dan menginvestigasi perubahan struktur.

Penerapan metode mekanika molekular:

·         Perhitungan energi konformasi relatif dari satu seri struk-tur analog (deret homolog).

·         Reoptimasi peptida setelah ditentukan mutasi selktifnya.

·         Mendapatkan struktur yang mendekati realitas untuk per-hitungan dengan metode kimia kuantum.

·         Kebolehjadian terjadinya efek sterik pada zat antara reaktif.

Empat metode medan gaya (force field) memudahkan kita untuk mengeksplorasi stabilitas dan dinamika sistem molekular untuk senyawa yang mempunyai massa atom besar.

Untuk keperluan umum digunakan MM+, sedangkan untuk biomolekul dapat digunakan salah satu dari tiga metode medan gaya: AMBER, BIO+ dan OPLS.

MM+

·         Sesuai untuk sebagian besar spesies non-biologi.

·         Berdasarkan MM2 (1977) yang disusun oleh N.L. Allinger

·         Menggunakan himpunan parameter 1991.

·         Akan menjadi parameter default dalam kasus parameter MM2 tidak tersedia

AMBER

·         Sesuai untuk digunakan pada polipeptida dan asam nukleat dengan senua atom hidrogen diikutkan dalam perhitungan.

·         Medan gaya AMBER force field disusun oleh Kollman.

·         OPLS

·         Didesain untuk perhitungan asam nukleat dan peptida.

·         OPLS disusun oleh Jorgensen.

·         Parameter interaksi tak berikatan dioptimasi dari perhi-tungan dengan pelarut termasuk di dalamnya.

BIO+

·         Dikhususkan untuk perhitungan makromolekul.

·         Medan gaya CHARMM disusun oleh Karplus.

·         Disusun Primarily designed to explore macromolecules.

·         Termasuk parameter CHARMM untuk perhitungan asam amino.

Perhitungan dengan metode gabungan

HyperChem memungkinkan kita untuk menjalankan perhi-tungan kuantum terhadap sebagian dari sistem molekular, misalnya terhadap solut, sedangkan sisanya dihitung menggunakan metode klasik.  Tehnik gabungan ini (QM/MM misalnya) dapat dijalankan untuk semua metode kuantum, hanya saja agak terbatas untuk pemakaian metode ab initio.

8.4  OPTIMASI STRUKTUR MOLEKUL

HyperChem mengkombinasikan kemampuan optimasi untuk teknik mekanika kuantum dan mekanika molekular dengan fasilitas manipulasi dan visualisasi struktur, simulasi dinamika molekul dan pengaturan sesuai kehendak peng-guna. Dengan program HyperChem, kita dapat menentukan struktur stabil dengan cara yang mudah.

Penentuan struktur yang stabil dari molekul meru-pakan langkah perhitungan yang paling umum terjadi pada pemodelan molekul. Energi relatif dari struktur teroptimasi yang berbeda akan menentukan kestabilan konformasi, ke-seimbangan isomerisasi, panas reaksi, produk reaksi, dan banyak aspek lain dari kimia.

HyperChem mempunyai 4 jenis metode optimasi, yaitu:

·         A steepest descent, dikhususkan untuk perhitungan yang cepat agar menghilangkan sterik yang berlebihan dan masalah tolakan pad struktur awal.

·         Conjugate gradient (Fletcher-Reeves and Polak-Ribiere) untuk mencapai konvergensi yang efisien.

·         Block-diagonal Newton-Raphson (hanya untuk MM+), yang memindahkan satu atom pada suatu waktu dengan menggunakan informasi turunan keduanya.

Pendekatan terintegrasi

Hyperchem memberikan fasilitas terintegrasi untuk optimasi struktur, menghasilkan efisiensi dan kemudahan dalam menggunakan. Beberapa keuntungan yang diberikan antara lain:

·         Metode optimasi dapat bekerja baik pada metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum.

·         Pilihan optimasi, seperti kondisi penghentian, frekuensi dari update layar, pemilihan algoritma dapat diatur dengan cara yang sama untuk semua metode dan algoritma optimasi.

·         Pengguna dapat merotasi dan translasi molekul ketika proses optimasi sedang berjalan.

Pemilihan bagian molekul yang dioptimasi

·         Jika beberapa atom dipilih ketika optimasi dimulai, hanya atom yang dipilih tersebut yang diperbolehkan bergerak, bagian molekul yang lain dipertahankan posisinya.

·         HyperChem dapat memperlakukan bagian molekul/sistem yang tidak dipilih dihitung sifatnya dengan menggunakan metode mekanika kuantum, sementara bagian yang lain dapat dihitung dengan mekanika molekular.

RANGKUMAN KONSEP

Program HyperChem merupakan perangkat lunak kimia komputasi yang sangat sesuai bagi peneliti pemula atau mahasiswa dalam mempelajari pemodelan molekul. Perangkat lunak ini sangat interaktif dan dipermudah dengan visualisasi yang sangat memadai. Visualisasi molekul sangat diperlukan dalam memodelkan molekul. Fasilitas menu yang lengkap akan mempermudah mahasiswa dalam menjalankan program sekaligus memvisualisasi hasil perhitungan

SOAL LATIHAN

1.    Bandingkan kemampuan program HyperChem dengan Gaussian (www.gaussian.com). Berikan ulasan tentang kemudahan visualisasi dari sistem kimia yang sedang dikaji.

2.    Gambarkan struktur protein dengan menggunakan data base yang ada. Gambarkan dalam beberapa jenis rendering yang tersedia di program tersebut.

3.    Gambarkan beberapa senyawa yang mempunyai konfor-masi staggered dan eklips dan mempunyai pusat kiral. Berikan ulasan tentang kemudahan belajar konfor-masi dan stereokimia dengan menggunakan program Hyper-Chem.

4.    Buatlah struktur senyawa turunan benzena, dan lakukan optimasi senyawa dengan beberapa algoritma yang ter-sedia. Bandingkan kecepatan optimasi dan struktur yang dihasilkan dari optimasi tersebut.

5.    Untuk molekul yang sama (misalnya air), bandingkan kecepatan dan parameter senyawa yang dihasilkan dari penggunaan beberapa metode kimia komputasi yang berbeda. Bandingkan hasilnya dengan data eksperimen.